에스토니아는 FIBA 유럽 소속의 국가대표팀이다. 에스토니아가 국제대회에 데뷔한 것은 1920년 하계 올림픽으로 첫 출장이자 마지막 출장은 1936년 하계 올림픽이다. 이후 소련이 에스토니아를 합병하면서 1991년 다시 독립을 하고 1993년에 재가입하면서 국제대회에 다시 참가하게 되었다. 에스토니아는 FIBA 유럽 챔피언십에 총 6번 출전하였으며, 최고 성적은 2001년 FIBA 유럽 챔피언십에서의 8위이다. 또한 2015년 유로바스켓에서 16강에 오른 적이 있다. 2018년부터는 월드컵 예선에서 1승도 거두지 못하며 2019년 FIBA 월드컵 진출이 무산됐다.
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