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남수단 축구 국가대표팀(영어: South Sudan national football team)은 남수단을 대표하는 축구 국가대표팀으로 남수단 축구 협회에서 관리한다. 2012년 2월 10일 아프리카 축구 연맹은 남수단 축구 국가대표팀의 가입을 승인하였고 같은 해 5월 25일 국제 축구 연맹도 남수단의 가입을 정식 승인하였다. 그리고 가입한 지 2개월 후인 7월 11일 세카파컵 최다 우승국인 우간다와의 친선 경기를 통해 국제 A매치 공식 첫 경기를 치렀으며 홈 구장은 주마 국립경기장을 사용하고 있다.